チャイニーズクレステッドドッグ最大の特徴は、ひとつの血統、さらには同じ母犬から生まれた兄弟の中に「ヘアレス」と「パウダーパフ」という全く異なるふたつのタイプが混在する点にあります。これは不完全優性の「無毛遺伝子（FOXI3変異）」によるもので、無毛遺伝子を1つ持つ個体がヘアレスになり、変異を持たない正常遺伝子のペアを持つ個体がパウダーパフとして誕生します。なお、無毛遺伝子を重複して受け継いだ受精卵は致死となるため、純血種であってもパウダーパフが生まれる仕組みは遺伝学的に排除できません。
この二者には、単なる見た目以上の身体的差異が存在します。特に顕著なのが「歯」の構造です。毛包と歯胚は同じ外胚葉から形成されるため、無毛遺伝子を持つヘアレスの多くは、生まれつき前臼歯が欠損していたり、牙がペグ状（円円錐形）に変形していたりします。一方でパウダーパフは、一般的な小型犬と同様の正常な永久歯列を備えて生まれてきます。食事の摂取能力自体に決定的な差はないものの、ヘアレスの場合は歯石が付着しやすく、歯周病リスクが高まりやすいため、幼少期からのデンタルケアが必須項目となります。
性格面に関しては、タイプによる本質的な差はほぼ見られません。チャイニーズクレステッドドッグの性格は全体として非常に感受性が強く、飼い主に対して深い愛情と忠誠心を捧げる性質を持っています。陽気で遊び好きな面を持ち合わせる一方で、見知らぬ人や環境に対しては警戒心が強く、やや内向的・臆病になりやすい傾向が報告されています。乱暴に扱われることを極度に嫌うため、家庭内での接し方には繊細な配慮が欠かせません。
