ユーフォニアムの演奏を始めるにあたり、最初に押さえておきたいのが楽器のピストン本数による運指の違いです。学校の備品や入門用モデルに多い3ピストン運指表では、右手の人差し指（1番）、中指（2番）、薬指（3番）の3本のみで音階を作ります。一方、現代の吹奏楽現場で主流となっているユーフォ 4ピストン 運指では、第4のピストンが追加され、演奏性・音程の精度が飛躍的に向上します。
4本目のピストンは「1番＋3番」と同じ長さ（完全4度下がる管長）を持ち、右手の小指で操作する「トップアクション式」または左手人差し指で操作する「サイドアクション式（3＋1ピストン）」が存在します。特にサイドアクションは右手への負担を分散させ、素早い運指を可能にするレイアウトとして広く定着しています。
チューニング時にもこの違いは直結します。基本のB♭音を合わせるユーフォニアム チューニング 運指（開放＝0番）だけでなく、4番ピストン単体の抜差管も正確に合わせておくことが、後述する低音域の安定感を生む絶対条件となります。
