日光二荒山神社の広大な神域は、日光市街地に近い「本社」、中禅寺湖畔の「中宮祠」、そして標高2,486mの山頂に鎮座する「奥宮」の3拠点に分かれています。それぞれ授与される御朱印の意匠や受付時間が大きく異なるため、綿密なタイムスケジュールが欠かせません。
1. 本社（日光山内）
東照宮や輪王寺に隣接する観光の中心地です。
・受付時間：8:00〜17:00（4月〜10月）/ 8:00〜16:00（11月〜3月）※授与所の受付終了は閉門30分前目安
・特徴：最も種類が多く、神橋や境内社、季節限定の切り絵御朱印もここで拝受できます。
2. 中宮祠（中禅寺湖畔）
いろは坂を登った中禅寺湖のほとりに位置し、男体山登拝門が構える厳かな拠点です。
・受付時間：8:30〜16:30（夏期）/ 9:00〜15:30（冬期）
・特徴：中宮祠独自の御朱印のほか、男体山登拝の安全祈願御朱印や、七福神巡りの御朱印が授与されます。
3. 奥宮（男体山山頂）
男体山頂に鎮座し、登拝者のみが辿り着ける天空の社です。
・受付期間：毎年5月5日〜11月11日頃（登拝期間中のみ開所）
・受付時間：開門時間内（天候等により変動あり）
・特徴：山頂社務所にて「奥宮」の力強い御朱印が授与されます。過酷な登山道を片道3〜4時間歩いた参拝者のみが手にできる特別な証です。荒天時やオフシーズンは中宮祠社務所で書置きが案内される場合もありますが、山頂拝受の感動はひとしおです。
