手作りママレードにおける最大の悩みである「えぐみ」や「強烈な苦味」は、柑橘類に含まれるフラバノン配糖体「ナリンギン」や、種子・未熟果に多い「リモニン」などの苦味成分が原因です。これらは柑橘の外皮（フラベド）と果肉の間にある「白いワタ（アルベド）」やスジに極めて高濃度で蓄積されています。
苦味を心地よい風味のレベルまで抑えるためのママレード苦味の取り方には、以下の3つの必須工程が存在します。
- 白いワタの適切な処理：スプーンや包丁を使い、皮の内側にある白い部分を適度こそぎ落とします。苦味を極力抑えたい場合は薄く削ぎ、適度な苦味を残したい場合は1〜2mm程度残すのがポイントです。
- 柑橘類の皮の下茹で（ゆでこぼし）：細切りにした果皮をたっぷりの水から沸騰させ、茹で汁を捨てる「ゆでこぼし」を2〜3回繰り返すことで、水溶性の苦味成分が効率よく湯に溶け出します。
- 水さらし：苦味の強い夏みかんや八朔（はっさく）を使用する場合、下茹で後に冷水へ1〜2時間（場合によっては一晩）さらすことで、過剰な刺激物質を完全に除去できます。
