園内を効率的に回るには、目的別のルート設計が欠かせません。東山動植物園の見どころを凝縮したモデルコースを組み立てる場合、動物園本園（シャバーニ、アジアゾウ、コアラ）から北園（レッサーパンダ、スマトラトラ）、そして植物園へと抜けるルートが王道です。東山動植物園の所要時間と回り方の目安としては、動物園の主要エリアに絞れば約3時間、植物園やスカイタワーを含めてじっくり鑑賞する場合は5〜6時間を確保しておくのが理想的です。
また、天候急変時や雨の日でも十分に満喫できるポテンシャルを秘めています。東山動植物園の植物園にある温室は、現存する日本最古の公共温室として国の重要文化財に指定されており、見事な保存修理を経て歴史的建築美と熱帯植物の共演を堪能できる名所となっています。東山動植物園における雨の日の楽しみ方としては、この温室群をはじめ、自然動物館（夜行性動物・爬虫類展示）や世界のメダカ館など、屋内で快適に過ごせる充実した施設を巡るルートが極めて有効です。
