ヒイカを手にした際、最も多く寄せられる疑問が「内臓や骨を取らずに丸ごと調理して良いのか」という点です。結論から言うと、体長8cm程度までの小型個体であれば、丸ごと加熱調理しても全く問題ありません。ヒイカの内臓（肝）はクセや苦味が極めて少なく、加熱するとむしろ濃厚なコクとなって料理全体の風味を底上げしてくれます。
ただし、仕上がりの食感や見栄えをプロレベルに引き上げたい場合や、体長10cm前後のやや大きめな個体を扱う場合は、段階的な下ごしらえが推奨されます。ヒイカの下処理は以下の部位ごとに判断するのが合理的です。
- プラスチック状の軟骨（イカ軟骨）：胴の内側にある透明な骨です。小型であれば加熱で気になりませんが、8cmを超える個体は指で胴の奥をつまんで引き抜くだけで、口当たりの引っかかりを完全に解消できます。
- 目とクチバシ（カラスビト）：ゲソ（足）の付け根にある黒いクチバシと両目は、食べたときに硬い異物感として残ります。目のキワに包丁を入れて目を押し出し、ゲソの中央を指で押し出してクチバシを摘み取るのが確実なヒイカの目・クチバシの取り方です。
- 墨袋（スミ袋）：内臓に付着している銀色に光る細い筋です。破れると料理全体が黒く染まるため、煮付けやアヒージョの色合いを美しく保ちたい場合は、胴から内臓を引き抜く段階で傷つけないよう取り除きます。
水洗いの際は、真水に長く浸けると浸透圧で旨味が逃げてしまうため、サッと冷水で洗い流したあと、キッチンペーパーで水分を徹底的に拭き取る工程が仕上がりを左右します。
