内村夫妻には2人のお子さんがいます。長女は2009年6月生まれ（現在16歳・高校2年生）、長男は2013年12月生まれ（現在12歳・中学1年生）に成長しています。
夫妻が暮らす自宅は、東京都内の閑静な高級住宅街（世田谷区・目黒区エリア）に位置し、徹底したプライバシー保護と子育てに適した環境が整えられています。子供たちの進学先については、芸能人や文化人の子女が多く通う名門一貫校（成城学園や早稲田実業など）が取り沙汰されてきました。教育熱心でありながらも決して子供を縛り付けず、本人の自主性と表現力を伸ばす方針をとっていることが関係者の取材で明らかになっています。
内村さんは多忙を極めるスケジュールの中でも、運動会や学校行事には必ずカメラ持参で参加し、率先して家族サービスを行ってきた「子煩悩パパ」です。長女が生まれた際には「娘が可愛くて仕方がない」と周囲に漏らし、長男の成長期には一緒にスポーツを楽しむなど、テレビで見せる穏やかなリーダー像そのままの父親ぶりを発揮しています。
