国循はもともと大阪府吹田市藤白台に位置していましたが、JR岸辺駅前の「北大阪健康医療都市（愛称：健都 - KENTO）」へと移転しました。この健都への移転理由には、単なる施設の老朽化対策にとどまらない国家戦略的な意図があります。
旧施設では困難だった最新医療機器（ハイブリッド手術室や大型MRI等）の効率的配置に加え、隣接する国立健康・栄養研究所や民間医療関連企業、研究機関と一体となった「オープンイノベーション拠点」を構築することが最大の目的でした。医療現場で得られた知見を即座に創薬や次世代医療機器開発へフィードバックする産学官連携が日々進められています。
岸辺駅からのアクセスは劇的に向上しました。JR京都線（東海道本線）岸辺駅の改札から屋根付きの連絡デッキで直結しており、新大阪駅からも電車で約7分という抜群の立地を誇ります。遠方から新幹線や飛行機（大阪空港・関西国際空港）を利用して来院する患者や家族にとっても、移動の身体的負担が極限まで軽減された設計となっています。
