物語の核心を紐解く最大の鍵は、作中で青年と少女によって静かに語られるノアの箱舟にまつわる聖書のエピソードです。青年は少女に対し、旧約聖書とは決定的に異なる「箱舟の記憶」を語りかけます。
創世記の物語では、大洪水の後に放たれた鳩がオリーブの葉をくわえて戻ったことで地上の再生が知らされます。しかし青年の語る世界では、陸地を探すために最初に放たれた「烏（カラス）」は戻らず、二度目に放たれた「鳩」も帰ってきませんでした。その結果、箱舟に乗った人々は自分たちが何のために漂流しているのか、世界がまだ存在するのかすら忘れ去り、待ちくたびれて化石になってしまったという絶望的な異説が提示されます。
この対話と作中の緻密な象徴表現を照合すると、主要な要素には以下のような構造的な意味が浮かび上がります。
- 卵を抱く少女の正体：失われた過去の記憶を持たず、戻らなかった「鳩」がいつか孵化すると盲信し続ける「無垢な信仰者」、あるいは人類が忘れ去った希望の残留思念。
- 抱えられた卵の中身：少女にとっては「未来への希望」や「神の約束」そのもの。しかし物理的には「空虚」であり、実体のない幻想。
- 巨大な魚の影を追う漁師たち：かつて海だった廃墟で、実体のない影に銛を打ち続ける存在。過去の執着や形骸化した儀式を反復する人類の哀しい惰性を象徴。
- 十字架を背負う青年の正体：過酷な真実を知り、盲目的信仰から覚醒した「ノア（あるいは箱舟の生存者）」。偽りの希望を終わらせる観察者にして破壊者。
押井監督は20代の頃に神学校へ通い、キリスト教の洗礼を受けながらも後に信仰を失った過去を持ちます。本作で描かれる荒涼とした廃墟と沈黙の神は、監督自身が直面した「信じた神からの応答の不在」という実存的危機が直接投影されたものに他なりません。
