奈良市街地は全国的に見ても天然温泉が極めて希少なエリアとして知られていますが、その中で自家源泉を保有している点が奈良パークホテル最大の強みです。敷地内から湧出する「宝来温泉」は、肌触りが柔らかく、湯冷めしにくい炭酸水素塩泉系の特徴を備えています。
大浴場に併設された露天風呂は、四季折々の植栽と巨石を配した落ち着いた造りとなっており、観光で歩き疲れた身体を芯から解きほぐします。また、プライベートな入浴を重視するファミリーやカップル向けに設けられた奈良パークホテルの貸切露天風呂も稼働率が高く、周囲を気にせず古都の名湯を独占できる贅沢な時間を提供しています。
宿泊客だけでなく、関西近郊からのショートトリップ需要に応える奈良パークホテルの日帰り温泉プランも定評があります。昼の会席料理や入浴がセットになったプランは、日帰りでありながら本格的な温泉旅行気分を味わえるため、週末を中心に事前の枠確保が必須となる人気ぶりです。