物語は、高校生の玄野計と小学校時代の親友・加藤勝が、線路に落ちた酔っ払いを助けようとして地下鉄に撥ねられる凄惨な事故から幕を開けます。死んだはずの二人が目を覚ましたのは、東京の一角にある見知らぬマンションの一室。そこには同じく死の淵から転送されてきた人々が集まっており、部屋の中央には不気味な黒い球体「ガンツ」が鎮座していました。
球体から流れる陽気なラジオ体操の音楽とともに表示されたのは、「ねぎ星人 やっつけに いってくだちい」という稚拙なひらがなの指令とターゲットの似顔絵。わけも分からぬまま住宅街の空き地へ転送された参加者たちを待ち受けていたのは、頭からネギを生やし、ネギを手にした小柄な宇宙人でした。これが、後に幾多の死線を越えることになるGANTZ 玄野計 初ミッションの始まりです。
当初は悪質なテレビ番組のドッキリや集団幻覚だと疑っていた参加者たちでしたが、すでにガンツのルールを熟知していた中学生・西丈一郎の冷徹な先制攻撃を機に、状況は一変します。無抵抗に近い子どもネギ星人への一方的なリンチ、そして響き渡る命乞いの声――。読者は開始早々、少年漫画の常識を覆す異様な空気感に引きずり込まれることになりました。