シリーズ全体を通じて、ファンの脳裏に焼き付いて離れない象徴的なエピソードが存在します。視覚的な流血だけでなく、肉体的苦痛への生理的共感を強烈に刺激する拷問シーンの詳細を振り返ります。
代表格として挙げられるのが、解答編「目明し編」における園崎家の爪剥ぎ拷問です。園崎家の掟を破った制裁として、特殊な器具を用いて生爪を1枚ずつ引き剥がしていく場面は、剥がれる音や激痛の描写が凄まじく、多くの読者・視聴者を戦慄させました。園崎詩音が自らの罪を贖うために3枚の爪を剥ぐ場面、そしてのちに詩音自身が復讐者となって園崎お魎や北条詩音（魅音）らを追い詰める一連の流れは、精神的逃げ場のない陰惨さを極めています。
また、「綿流し編」および「目明し編」で描かれる祭具殿奥の地下拷問室も屈指のトラウマ要因です。古くから村で行われていたとされる人身御供や拷問の歴史を物語る器具の数々、鎖で拘束された犠牲者への惨殺行為は、生理的な嫌悪感とともに雛見沢村の暗部を突きつけます。さらに、古手梨花が自らの喉元に包丁を何度も突き立てる壮絶な自決シーンや、北条沙都子を巡る虐待描写など、逃れられない痛みを伴うエピソードが幾重にも重なっています。
