本作の物語は単体で完成された美しさを持つが、続編として知られる『クロノ・クロス』への重要な伏線がいくつも散りばめられている。特に古代ジール王国の崩壊と、魔王（ジャキ）やサラの辿った凄絶な運命は、時空の歪みを通じて続編の核心へと直結していく。
「次元の歪み」の最奥で待ち受ける存在や、時空の狭間に消えた登場人物たちの決断を読み解くことで、作中の世界観は一気に深みを増す。両作をプレイすることで初めて明らかになるタイムラインの改変リスクと世界の修復プロセスは、時空トラベルもののSFファンタジーとして今なお最高峰の完成度を誇る。
