当館を語るうえで最大のハイライトといえるのが、地上30メートル、最上階の屋上に広がる阿寒湖畔温泉の天空ガーデンスパです。浴槽の縁と阿寒湖の水面、そして背後にそびえる雄阿寒岳が視覚的にシームレスに溶け合うインフィニティ設計が採用されており、四季折々の絶景パノラマが眼前に広がります。
このスパは男女混浴エリアとなっており、カップルやファミリーが揃って同じ景色を共有できる点が大きな特徴です。利用時には衛生面とプライバシーに配慮された専用の湯あみ着（脱衣所に常備、無料貸出）を着用するルールが徹底されています。また、自前の水着を持ち込んで着用することも可能です。湯あみ着は透けにくい厚手の特殊素材で作られており、水着に抵抗がある方でも気兼ねなく入浴を楽しめる配慮がなされています。
天空ガーデンスパに隣接する大浴場「雲海」「天舞」にも、雄大な湖を望むパノラマ風呂や本格的なサウナ、水風呂が完備されています。宿泊者だけでなくニュー阿寒ホテルの日帰り入浴も受け付けており、大人料金1,400円前後（フェイスタオル付、バスタオル有料レンタル）でこの天空体験を堪能できるため、道東ドライブの立ち寄りスポットとしても高い人気を誇ります。
