中高一貫校の増加や高校再編が進む茨城県内において、公立中学校からの進路選択は保護者にとって最大の関心事です。水海道中学校の進学先としては、地元屈指の伝統校である茨城県立水海道第一高等学校を中心に、守谷高校、伊奈高校、下妻第一高校、さらにはつくば市・土浦市方面の進学校を目指す生徒まで幅広い選択肢が存在します。
学校側では、定期的な実力テストや進路説明会の充実はもちろん、基礎学力の定着を図る補習指導を実施。高校入試の傾向変化（思考力・記述力を問う問題の増加）にも対応した授業改善が図られており、明確な目標を持って努力する生徒が上位校へ合格を果たす好循環が生まれています。
