山芳亭を訪れる上で最大の関門となるのが待ち時間と混雑への対処です。同店の営業時間は昼営業中心（11:30〜15:00、L.O. 14:30頃 ※ネタが無くなり次第早期終了あり）となっており、営業時間そのものが比較的短いため、客足が特定の時間帯に集中します。
まず押さえておくべき大前提として、座席の事前電話予約やWEB予約は受け付けていません。現地到着順の完全台帳記帳システムを採用しています。
時間帯ごとの混雑傾向は以下の通りです。
- 平日（月・火・木・金）：開店直前の11:00頃から記帳が始まり、11:30のオープン時点で1巡目が埋まります。ピークタイム（11:45〜13:00）の待ち時間は約20〜45分。13:30を過ぎると比較的落ち着きますが、限定メニューは売り切れる可能性が高まります。
- 土日・祝日・大型連休：混雑はピークに達します。10:30〜11:00頃には店頭のウェイティングシートに多数の記帳が並び、オープン時点で2〜3巡目待ちになることも珍しくありません。ピーク時の待ち時間は60分〜120分（1〜2時間）に及ぶケースがあります。
この混雑をストレスなく攻略するための鍵は、「記帳後の時間をイオンモールおよび新鮮市場での買い物・散策に充てる」という立ち回りです。店先で直立して待ち続ける必要はなく、記帳時におおよその目安組数を確認した上で、隣接するイオンモール日吉津や市場内の特産品コーナーを回遊するのがスマートな過ごし方です。
また、旅程の都合でどうしても店内に座る時間が取れない場合は、「山芳亭のテイクアウト（持ち帰り）」を活用する手段もあります。事前に電話等で受け取り時間を確認・注文しておくことで、行列に拘束されることなく車内や宿泊先で同等の海鮮丼を味わうことが可能です。
