一方で、良質な食材であっても過剰摂取には注意が必要だ。一度に大量の納豆とヨーグルトを摂取すると、食物繊維や乳糖の過剰摂取により、かえってお腹が張ったり下痢を引き起こしたりするリスクがある。まずは1日1パックの納豆と少量のヨーグルトから始め、自身の体調の反応を観察するのが賢明だ。
また、砂糖が大量に含まれた加糖ヨーグルトとの組み合わせは、糖分の過剰摂取につながり腸活のメリットを相殺してしまう恐れがある。さらに、血液凝固を防ぐ薬（ワルファリンなど）を服用している医療機関受診者においては、納豆に含まれるビタミンKが薬効を阻害するため、あらかじめ医師に相談することが不可欠である。
