『キングダム ハーツIII』の最終決戦「キーブレード墓場」において、真・十三機関と光の守護者たちは激突し、長きにわたる因縁に決着が打たれました。
戦いの中で、ヴィクセンの密かな協力とレプリカ技術により、ロクサスとシオンは見事に完全な個別の心と肉体を取り戻して復活を果たします。アクセル（リア）を加えた3人が再び抱き合って涙を流すシーンは、シリーズ屈指のカタルシスを生み出しました。また、サイクス（アイザ）も最期にリアとの旧友としての絆を取り戻し、光の側へと救済されています。
敗れ去ったゼムナスやアンセムも、消滅の間際に心を持つことの孤独と痛みを理解し、静かに消え去っていきました。そして首謀者マスター・ゼアノートの消滅によって「ダークシーカー編」は幕を閉じます。
しかし、エピローグではルシュ（シグバール）が古代のマスターたちのキーブレードを回収し、予知者たちを現代に呼び戻す場面が描かれました。さらにマールーシャ（ラーリアム）やラクシーヌ（エルレナ）、ルクソードらが古代の歴史に深く関わっている事実が提示され、機関の遺恨は新章『キングダム ハーツIV』以降へと引き継がれることになります。
