2016年に発覚した複数女性との不倫騒動は、15年間連れ添った前妻との離婚という形で決着しました。当時の夫婦間には2男1女（計3人）の子供が誕生しており、離婚発表の際には「子どもたちを傷つけないことを最優先にしたい」との声明が出されました。その後、親権は元妻側が持ち、乙武氏は十分な養育費を支払いつつ、定期的な面会交流を続けていると伝えられています。
離婚後の私生活において、最も世間の耳目を集めたのが「再婚相手」の噂です。2018年頃には20代のハーフ美女との真剣交際が週刊誌にスクープされ、家族公認の仲として報じられましたが、2020年春頃に価値観の不一致などを理由に破局。その後、2023年春には別の20代一般女性とのマンション同棲が写真週刊誌によって報じられました。
2026年現在に至るまで、乙武氏が自治体へ婚姻届を提出したという公式発表はありません。周囲の支援関係者によれば、過去の騒動によって配偶者に向けられるメディアの過熱報道リスクを極度に警戒していること、また法的な婚姻という枠組みに縛られず、互いの自立を尊重した事実婚スタイルをあえて選んでいることが背景にあります。子供たちが思春期を迎えるなか、父親としての責任を果たしながら、プライベートな生活を極力オープンにしないスタンスを貫いています。
