高学年の保護者にとって避けて通れない最大の関心事が、卒業後の進路設計です。東戸山小学校の公立指定進学校は、新宿6丁目に校舎を構える新宿区立新宿中学校への進学が主軸となります。
新宿中学校は、かつての四谷第二中学校など複数校の統合再編を経て誕生した経緯を持ち、近代的な校舎設備と部活動の活発さ、落ち着いた学習指導で知られる区内の人気公立中学校です。東戸山小から新宿中へ進むルートは、地域の友人関係を継続させながら、無理のないペースで高校受験（都立日比谷高校、戸山高校、新宿高校などの難関校や私立上位校）を目指せる手堅い進路として保護者の支持を集めています。
その一方で、山手線内側の都心区という地域柄、私立・国立中学校や都立白鷗・小石川・富士といった公立中高一貫校を目指す中学受験熱も依然として高水準です。例年、6年生の概ね50％〜60％程度が中学受験に挑戦しています。
ここで特筆すべきは、受験組と非受験組の間にギスギスした対立構造が生じにくい点です。教育社会学的な視点で見ても、受験比率が8割を超える一部の港区・文京区の学校では「受験しない児童が肩身の狭い思いをする」といった同調圧力が問題化することがありますが、東戸山小学校は「半数が受験、半数が地元公立進学」という絶妙な拮抗バランスを維持しています。どちらの道を選択しても子どもが孤立せず、互いの進路を自然に応援し合えるクラスの空気が保たれている点は、情緒的な安定を重視する家庭にとって大きな安心材料となっています。
