実際に健康診断費用を含めて医療費控除を申請した場合、手元にいくら戻ってくるのでしょうか。医療費控除の基本的な控除額の計算式は以下の通りです。
【医療費控除額の計算式】
（実際に支払った医療費の合計額 － 保険金等で補填された金額） － 10万円（※）
※総所得金額等が200万円未満の場合は、その総所得金額等の5％の金額
控除された金額がそのまま手元に戻るわけではなく、戻ってくる還付金は「控除額 × 自身の所得税率」となります。さらに、翌年度の住民税（一律10％）の負担も軽減されます。
年収別・還付金モデルケース試算
会社員（単身または共働き、年収500万円・所得税率10％・住民税率10％）が、自費で受診した人間ドック（費用60,000円）で胃潰瘍が発見され、そのまま投薬治療を開始。年間の治療費・薬代で50,000円、通院交通費で5,000円を支出した場合をシミュレーションしてみます。
- 対象医療費の合算：人間ドック60,000円 ＋ 治療費・薬代50,000円 ＋ 交通費5,000円 ＝ 115,000円
- 医療費控除額：115,000円 － 100,000円 ＝ 15,000円
- 所得税の還付額：15,000円 × 10％ ＝ 1,500円
- 翌年度住民税の軽減額：15,000円 × 10％ ＝ 1,500円
- 税金削減効果の合計：3,000円
もし健康診断代（60,000円）を除外して治療費（55,000円）だけで計算していた場合、10万円の足切りラインに届かず控除額は「0円」でした。健診代を正しく算入したからこそ、足切りを突破して税制上の恩恵を享受できたわけです。これが重度の病気で手術や入院を伴い、医療費が数十万円〜百万円規模になった場合、還付される金額は数万〜十数万円単位へと跳ね上がります。
2026年最新の確定申告やり方・提出ルール
2026年現在の確定申告では、デジタル化が大幅に進展しています。自宅のスマートフォンから「国税庁 確定申告書等作成コーナー」へアクセスし、マイナンバーカードを用いたマイナポータル連携を行えば、健康保険が適用された診療費や薬局の支払データは自動で集約されます。
ただし、自費で支払った「健康診断・人間ドックの領収書」はマイナポータルに自動連携されません。自費診療分については、「医療費控除の明細書」へ受診した医療機関名、支払金額、該当理由を手入力する必要があります。
領収書の現物を税務署へ提出する必要はありませんが、確定申告期限の翌日から5年間は自宅での原本保存義務が課されています。税務調査や後日の書面照会で提示を求められた際、提示できなければ控除が取り消され、追徴課税（過少申告加算税や延滞税）の対象となるため、ファイルに保管しておく几帳面さが求められます。
