独立行政法人は所管官庁ごとに多様なミッションを担っています。特に厚生労働省や文部科学省、経済産業省が所管する法人群は規模が大きく、知名度も抜群です。
厚生労働省が所管する独立行政法人一覧のなかでも中核をなすのが、全国140以上の病院ネットワークを展開する独立行政法人国立病院機構（NHO）です。臨床医療から政策医療までをカバーし、医療従事者のみならず大規模な事務総合職の採用を行っています。さらに、より高度な先端医療・研究に特化した組織として、国立がん研究センターや国立循環器病研究センターをはじめとする国立高度専門医療研究センター（NC）群が存在し、世界水準の医療研究を牽引しています。
文教・学術分野では、青少年の体験活動拠点を提供する国立青少年教育振興機構や、国立博物館等を運営する国立文化財機構の採用情報が、教育・文化関係を志す層から高い注目を集めています。また、環境分野のシンクタンクである国立環境研究所の研究職採用など、専門分野に特化したトップクラスの研究開発法人も名を連ねています。
