総武線快速を利用する際、最も混乱を招きやすいのが「基本編成（11両）」と付属編成を連結した「15両編成」におけるトイレ位置の違いです。現在、横須賀・総武快速線の主力である新型車両E235系1000番台における正確な設置号車は以下の通りに統一されています。
まず、すべての列車で共通となる11両基本編成（1号車〜11号車）では、「1号車」「5号車（グリーン車）」「6号車」の3箇所にトイレが配置されています。久里浜・逗子・東京寄りの先頭車である1号車には、電動車椅子でも旋回可能な広さを誇る「車椅子対応大型多機能トイレ」が完備され、2階建てグリーン車の5号車には利用客専用の洋式トイレと男性用小便所が設置されています。
そして、千葉寄りに4両の付属編成を連結した15両編成の場合、上記の3箇所に加えて「増結1号車（増1号車）」にも車椅子対応大型洋式トイレが組み込まれます。つまり、15両編成全体では「増1号車・1号車・5号車・6号車」の合計4箇所が車内トイレの拠点となります。
ここで鉄道ファンの間でも話題となった構造変化が「6号車トイレの新設」です。旧型のE217系では11号車（千葉寄り先頭車）に一般トイレが置かれていましたが、E235系では編成の中央寄りである6号車に移設されました。これにより、普通車の乗客が長大な編成を端から端まで移動することなく、アクセスしやすい動線へと改良されています。
