寺院としての起源を紐解くと、千年以上前の平安時代中期にまで遡ります。重要文化財に指定されている『因幡堂縁起』などの公式記録によると、997年（長徳3年）、因幡国（現在の鳥取県）の国司としての任期を終えた貴族・橘行平（たちばなのゆきひら）が帰国の途上、重い病に倒れたことから物語が始まります。
行平が夢の中で「因幡の賀露の海に浮かぶ霊木を救い上げよ」という夢告（むこく）を受け、海中から引き上げたところ、それは神々しい薬師如来像でした。行平はその像のために仮のお堂を建立して平癒を祈願し、無事に京へと帰着します。その後、1003年（長保5年）、京の行平の屋敷にその薬師如来像が自ら飛来したという伝承が残されており、この京都 平等寺 薬師如来 奇跡の逸話をもって創建されたのが現在の平等寺です。
この本尊・薬師如来立像は、長野の善光寺（阿弥陀如来）、京都嵯峨の清凉寺（釈迦如来）と並び、古くから「日本三如来」の一つとして崇敬されてきました。歴代の天皇も自らの厄年には勅使を派遣して祈祷を受けさせたと記録されており、因幡堂 平等寺 歴史 由緒の深さは京都屈指と言えます。朝廷から庶民に至るまで、「いかなる病苦も救い落とさない」という本尊の慈悲深さが、現在の「がん封じ」の信仰基盤を強固に形作っています。
