同校を理解するうえで避けて通れないのが、系列中学校からの内部進学生と高校入試を経て入学する外部生（高入生）の存在です。東京学芸大学には世田谷、小金井、竹早という3つの附属中学校（および国際中等教育学校）があり、各校から選考を経て附属高校へ進学します。東京学芸大学附属高校の内部進学の基準は非常に厳格であり、中学校での内申点や実力テスト、統一の連絡進学試験によってふるい落としが行われます。
各附属中学校からは上位の限られた生徒しか進学できず、内部生同士の激しい選抜競争が存在します。この選抜を勝ち抜いた内部生は高い教養と独特の連帯感を持っており、高校から入学してくる外部生との間で初期の人間関係にギャップが生じるケースも少なくありません。卒業生の手記や体験談によると、次のような空気感が語られています。
「入学直後は内部生がグループを形成しており、独特の自由なノリに戸惑う外部生もいる。しかし、学芸大附属の生徒は基本的に互いの個性を尊重するため、文化祭や行事を経るうちに壁は自然と消えていく。学力面では、高校入試を突破してきた外部生のほうが英数などの筆記試験で初期にリードするが、最終的な進路実績では内部生からも東大・医学部合格者が多数出るため、個人の努力次第という結論になる」
このように、学内には健全な切磋琢磨の環境がある一方で、国立特有の「放任主義」に順応できるかどうかが大きな分かれ道となります。手取り足取りの進路指導は行われないため、自ら目標を設定して学習を進められない生徒は、内部・外部を問わず取り残されるリスクを抱えています。
