「地下ピット式なら雨風や直射日光を防げて車が傷まない」という通説がありますが、これは現代の気候変動下では裏目に出るリスクを孕んでいます。近年のゲリラ豪雨や大型台風に伴い、地下ピットの水没被害が頻発しているためです。
多くの機械式駐車場には排水ポンプが備わっていますが、都市型水害による排水許容量を超えた集中豪雨や、停電によるポンプ停止が発生すると、地下パレットは一瞬でプールのようになり車両が完全に水没します。車両保険（車両水没）に入っていなければ数百万円の全損害を自己負担することになりかねません。台風接近時は事前に地上階のパレットへ車を移動させるか、一時的に高台のコインパーキングへ退避させるといった自衛策が求められます。
