ストーリーで立ちはだかった強大なボスキャラクターたちを味方にするプロセスには、通常妖怪とは全く異なるアプローチが求められます。
妖怪ウォッチ4 ボス妖怪 仲間にする方法の基本線は、クリア後の閻魔宮殿や妖怪評議会に関わるクエスト群の踏破です。カイラ、エンマ大王、ぬらりひょんといった妖魔界の支配者層は、彼ら自身が依頼人となる一連の長編クエストを完遂し、タイマンバトルで実力を示すことで初めて「魂カツリスト」に登録されます。倒した瞬間に即加入するわけではなく、勝利後に提示される膨大な「専用の金魂」と「妖魔界の特産素材」を納品して初めて契約成立となる点には注意が必要です。
一方、マップの探索要素である妖怪ウォッチ4 妖気汚染 出現妖怪の監視も見逃せません。街中の異空間「妖気汚染」には、通常フィールドには姿を見せないレア妖怪（フゥミン、激ドラゴン、各種色違い妖怪など）が高確率で潜伏しています。妖気汚染のランクが「赤」や「金」に輝くポイントは、Sランク妖怪の魂を直接回収できる絶好の狩場として機能します。
さらに、実物の玩具「妖怪アーク」をNintendo SwitchやPS4の読み込みポイントにかざす妖怪ウォッチ4 アーク連動 限定妖怪も存在します。極アークや特別な超アークを連動させることで、「ワンチャンサイド」の特殊な敵や「ジバニャン＆ジンペイ」などの限定個体と戦える鍵が手に入り、これらが大辞典のコンプリート枠を埋める決定打となります。
