魚類生理学の観点から見ると、コノシロの食味評価は季節によって180度激変します。コノシロの旬は晩秋から初冬（11月〜2月頃）です。産卵期である春から初夏に向けて体力を蓄えるこの時期、冷たい海水に揉まれたコノシロは全身に驚異的な霜降り状の脂を蓄えます。
水産研究所等の成分分析データによれば、初夏のシンコの粗脂肪量が数％程度にとどまるのに対し、真冬の寒コノシロの脂質含有率は15％から時に20％近くに達します。これは寒ブリや脂の乗った真イワシに匹敵する数値であり、脂の旨味だけで比較すれば、夏のコハダを遥かに凌駕する濃厚なコクを有しているのです。
しかし、家庭調理や大衆居酒屋でコノシロを生食する際には、極めて重大な衛生上のリスクが存在します。それが線虫類寄生虫「アニサキス（Anisakis simplex）」の存在です。
内湾や汽水域で動物プランクトンを捕食するコノシロは、アニサキスの好適な宿主となります。厚生労働省の食中毒防止通達や水産食品安全ガイドラインでも強く警告されていますが、「塩で締める」「酢に浸す」といった一般的な酢締め工程だけでは、アニサキスは死滅しません。家庭用の一般的な穀物酢の酸性度（pH2.5〜3.0程度）では、アニサキスは何日間も生存して身の中で蠢き続けます。
コノシロを刺身や生食感覚で安全に楽しむための必須条件は以下の通りです：
- マイナス20℃以下で24時間以上の完全冷凍：家庭用冷凍庫ではなく、強冷機能を用いて身の中心部まで確実に凍結させることで、アニサキスの幼虫を完全に死滅させます。
- 徹底した内臓の早期除去：釣獲後または購入後、直ちに内臓を傷つけずに摘出し、腹腔内を流水で徹底洗浄する。魚が死亡した直後から、アニサキスは内臓から筋肉部へと移行するため、スピードが命です。
- 強力な目視と細かな包丁の入れ込み：身を薄く削ぎ、光に透かして肉眼で白く渦を巻く虫体を確認するとともに、後述する「骨切り」を細かく入れることで虫体の物理的破壊を狙います。
