ネット上の検索エンジンで本作を調べると、必ずと言ってよいほど「妖怪ウォッチシャドウサイド 打ち切り 理由」や「なぜ終わった」という関連ワードが上位に浮上します。放送期間が2018年4月13日から2019年3月29日までのちょうど1年間（全49話）であったため、前作が約4年半にわたって長期放映された実績と比較して「不振による途中打ち切り」と誤認されやすい側面があります。
しかし、アニメ制作業界およびテレビ東京の編成基準を精査すると、4クール（1年間）の枠を過不足なく消化して完結している点は、最初から年間スケジュールとして設計されていたプロジェクトであることを示しています。制作を手掛けたレベルファイブにとっても、本作は2019年6月に発売されたNintendo Switch向けソフト『妖怪ウォッチ4 ぼくらは同じ空を見上げている』へと橋渡しを行うための大型クロスメディア展開の一翼でした。
それにもかかわらず終了が「打ち切り」と語られてしまう背景には、商業展開における想定以上のブレーキがありました。玩具展開の要であった「妖怪アーク」や「妖怪ウォッチエルダ」は、鍵を差し込んで回すというギミックの完成度が高かったものの、かつて社会現象となった「妖怪メダル」の爆発的な狂乱と比べると市場規模が大きく縮小しました。前作のポップなギャグコメディを愛していた未就学児やファミリー層が、リアルで不気味な妖怪たちの造形に恐怖心を抱いて離脱したことは、玩具の消化ペース鈍化に直結しました。結果として、プロジェクトは予定の4クールで幕を引き、翌月からはケータを主役に戻したギャグ主体の『妖怪ウォッチ!』へと迅速に回帰することとなったのです。
