長期療養を余儀なくされる患者とその家族の経済的・精神的負担を軽減するため、特定医療費（指定難病）の助成制度や小児慢性特定疾病の申請受付も大分県北部保健所が主管しています。対象となる指定難病の医療費について、自己負担上限額の範囲内で公費負担を受けるための受給者証交付窓口となっています。
申請には指定医が作成した臨床調査個人票（診断書）や住民票、市町村民税の課税証明書など多くの書類を揃える必要があります。年に一度の受給者証更新手続き期間は窓口が混雑しやすいため、郵送対応の可否や必要書類の不足がないかを事前に確認しておくことで、無駄な来所や待ち時間を大幅に削減できます。
さらに、地域住民の生命と健康を脅かす感染症の発生動向を監視する感染症サーベイランス体制も保健所の根幹業務です。季節性インフルエンザ、新型コロナウイルス、手足口病、ノロウイルスなどの集団感染発生状況を収集・分析し、学校や高齢者施設への衛生指導を行うとともに、最新の地域感染症情報をタイムリーに発信しています。地域の健康危機管理拠点として、感染拡大の兆候を早期に捉え警戒を呼びかける防波堤の役目を果たしています。
