広大な面積を持つがゆえに、現地を訪れる際に最も直面しやすいトラブルがアクセスの選択ミスと駐車場の満車問題です。休日のレジャーを快適に過ごすためには、事前の交通導線の把握が不可欠となります。
水元公園には主要な駐車場が複数配置されており、全体で約1,100台以上の収容能力を有しています。しかし、行楽シーズン(4月〜5月の大型連休、6月の菖蒲まつり期間、11月の紅葉期)の土日祝日は、中央広場やバーベキュー場に近い第一駐車場が午前9時30分頃には満車に達します。駐車場の利用料金は、普通車が1時間まで300円、以後20分ごとに100円(入庫後12時間最大料金設定あり、ただし特定繁忙期は変動する場合あり)となっており、長時間滞在しても比較的リーズナブルな価格設定です。ただし、満車時の入庫待ち列が周辺道路に延伸し、入庫までに1時間以上を要するケースも珍しくありません。
この混雑をスマートに回避する鍵が、JR常磐線・京成金町線が乗り入れる金町駅からのバスアクセスです。金町駅南口および北口から運行されている京成バス「金61系統」や、休日運行の「水元公園循環(金63系統)」を活用すれば、主要ゲートである「公園東口」や「水元公園」停留所へ10分〜15分程度で直行できます。また、園内の移動効率を最大化する手段として推奨されるのが、金町駅周辺や園内管理所付近に配備されたシェアサイクルおよびレンタサイクルの利用です。南北約4kmに及ぶ長大な敷地を徒歩のみで回遊するのは体力を著しく消耗するため、自転車の機動力を味方につけることが満足度を左右します。