神室町に散りばめられたサブストーリー全78種の踏破は、本作の醍醐味です。詐欺グループの撃退や心温まる人情劇など、バラエティに富んだエピソードが用意されています。
特にコレクション要素として熱狂的な支持を集めるのが『昆虫王者メスキング』です。神室町各地に落ちているメスキングカードの入手を進めることで、強力な必殺技や衣装カードが手に入り、大会を勝ち抜くことが可能になります。また、キャバクラ攻略（ゆい、リナ）では、相手の好みに合わせた会話の選択肢と高価なドリンクの注文を組み合わせることで、最短2〜3回の来店でアフターイベントおよび専用サブストーリーの解放へと到達できます。
すべてのサブストーリーをクリアし、裏ボス「亜門丈」を撃破することは、トロフィーコンプリートを目指すプレイヤーにとって避けては通れない最難関の実績となっています。
