土佐藩の取調所「南会所」で以蔵を待っていたのは、想像を絶する苛烈な拷問でした。水責め、竹棒による打擲、石抱きなど、連日にわたる肉体的破壊が行われました。
上士階級であった武市半平太には身分に応じた格式が与えられ過酷な肉体拷問が免除されていたのに対し、下士・郷士層の以蔵には容赦のない拷問が加えられたのです。武市への思慕と恐怖の狭間で耐えていた以蔵でしたが、毒殺未遂による決定的な裏切りを知り、ついに天誅に関与した同志たちの罪状を全面自白しました。
慶応元年（1865年）5月11日、以蔵に言い渡された刑罰は「死刑（斬首）」にとどまらず、首を晒しものにする「獄門（晒し首）」でした。武市半平太が武士としての名誉を保った「切腹（三文字割腹）」を命じられたのに対し、以蔵は罪人としての扱いを受け、28年の短い生涯を雁切河原で閉じました。
