静岡県東部の私立中高一貫校・私立高校の中で、日大三島は確固たるポジションを築いています。県内の大手模擬試験（静岡県統一模試・秀英予備校模試等）のデータ分析によると、高校課程における特進コースの偏差値はおよそ59〜62、進学コースの偏差値はおよそ51〜53で推移しています。
特進コースは、公立のトップ進学校（沼津東高校・韮山高校・三島北高校など）の併願先として選ばれるケースが多く、高い学力水準を持つ生徒が集まる傾向にあります。一方の進学コースは、日大への内部進学や私立大学への指定校推薦を主眼に置く層を中心に、堅実な人気を維持しています。
一方、日大三島中学校の入試倍率は、選抜方式（専願・推薦・一般・適性検査型など）によって異なるものの、例年1.1倍〜1.4倍程度で安定しています。公立中高一貫校（沼津市立沼津高校中等部など）の併願校としても機能しており、基礎学力検査と面接・作文を通じて総合的な思考力と学習意欲が問われる入試設計となっています。
2026年度の入試日程においても、中学校入試は1月上旬から中旬にかけて複数日程で実施され、高校入試は1月下旬の推薦・単願入試、2月上旬の一般入試というスケジュールが定着しています。Web出願システムの導入により、出願から手続きまでの導線はスムーズに整備されています。
