計画運休や台風による大規模な遅延が決定した場合、基本ルールとして「無手数料での払い戻し・変更」が適用される。焦って通常の手数料を払ってキャンセルする必要はない。
スマートEXやJR九州の各種Web予約サービスを利用している場合、運休対象となった列車のチケットはオンライン上で自動的に手数料ゼロでの返金・変更手続きが可能だ。一方で、駅の券売機や窓口で発券済みの紙の切符については、運休発生から1年間は全国の主要駅で全額払い戻しに対応している。わざわざ台風の最中に混雑する駅へ出向く必要はまったく無い。
注意すべきは、旅行会社が販売するツアー商品や「ぷらっとこだま」などのパック商品だ。これらはJRの窓口ではなく、購入した旅行代理店の規定に準拠するため、各自のサポートデスクへ直接確認を急ぐ必要がある。