プロテイン選びの根本は、原料が動物性か植物性かという出自の違いにあります。牛乳の上澄み（乳清）を精製したホエイプロテインは動物性タンパク質であり、大豆の油分を抽出した残りの絞り粕を精製したソイプロテインは植物性タンパク質です。
両者の最大の違いは、体内へのプロテイン吸収速度の比較に現れます。ホエイプロテインは水溶性で消化管での通過が極めて速く、摂取後約1〜2時間で血中アミノ酸濃度がピークに達します。一方、不溶性食物繊維様の特徴を帯びるソイプロテインは、胃内でゲル状に留まりやすく、消化吸収に約5〜7時間を要します。
アミノ酸スコアはいずれも最高値の100を誇りますが、その組成には明確な個性があります。ホエイは筋肉合成のトリガーとなる分岐鎖アミノ酸（BCAA）、とりわけロイシンの含有率が突出して高く、運動で傷ついた筋線維の修復を即座に開始させます。対してソイは、血管拡張作用を持つアルギニンや生体調整に関わるグルタミン、そして女性ホルモン（エストロゲン）と化学構造が類似する大豆イソフラボンを豊富に含みます。
