薬との相互作用がない単独摂取の場合であっても、セイヨウオトギリソウ特有の副作用が存在します。代表的なものが「光線過敏症（光毒性）」です。有効成分のヒペリシンが体内に蓄積した状態で強い日光や紫外線を浴びると、皮膚の発赤、かゆみ、重度の火傷のような炎症を引き起こす場合があります。
その他にも、胃腸障害（吐き気、腹痛、下痢）、口渇、めまい、倦怠感、アレルギー性発疹などが報告されています。2026年最新の安全性データにおいても、妊娠中・授乳中の女性および小児に対する安全性は確立されておらず、原則として摂取は推奨されていません。日頃から健康食品を愛用している方でも、自身の体質やアレルギー歴に応じた慎重な判断が求められます。
