大阪城水上バスの乗船を計画する際、最も関心を集めるのが「通常料金の設定」と「利用可能な各種割引制度」の実態です。公式発表資料に基づく2026年現在の通常運賃は、大人が2,000円（中学生以上）、子ども（小学生）が1,000円に設定されています（※未就学児は大人1名につき1名無料、2人目からは子ども料金）。
この乗船料を劇的にお得にする最大の裏ワザが、大阪観光の定番ツールである「大阪周遊パス」および「大阪楽遊パス」の活用です。対象となるパスを提示することで、通常2,000円のアクアライナー周遊乗船料が実質無料（パス料金に含まれる）となる特典が付与されています。パス自体の価格が1日券で3,000円台前半であることを考慮すると、水上バス1回に乗船するだけで元値の過半を回収できる計算になり、観光コストパフォーマンスを飛躍的に高める決定打となります。
ただし、ここで多くの旅行者が陥りがちな「致命的な盲点」が存在します。それが3月下旬から4月上旬にかけて運航される「アクアライナー 大阪城お花見クルーズ」期間中の除外ルールです。桜の開花シーズンは全便が特別運航体制へ移行するため、大阪周遊パスなどの無料特典は原則として利用不可となり、通常運賃での乗船や専用特別プランの購入が必要となります。「パスがあるから無料で乗れる」と思い込んで窓口に並び、現地で利用除外を知ってトラブルになるケースが散見されるため、春季に訪れる際は運航除外日の事前照会が欠かせません。
また、周遊パスを持たない一般利用者であっても、公式サイト経由のWEB事前決済による割引（約10%引き）や、JAF会員証・特定のクレジットカード提示による優待割引が適用される場合があるため、正規運賃で乗船する前に手持ちの優待資格を確認しておくのが賢明な防衛策です。
