物語の最大の敵である黒の組織のメンバー一覧を整理すると、幹部クラスのコードネームとそれぞれの役割、そして潜入スパイの多さが際立ちます。
実行部隊を率いる冷酷無比なジン、その相棒のウォッカ、狙撃手のキャンティとコルン、そして変装の達人でボス直属の側近であるベルモット。さらに、組織のNo.2として恐れられる最高幹部・ラム（RUM）の正体も明らかとなり、脇田兼則としてコナンの身近に潜んでいた事実が読者に大きな衝撃を与えました。
そして、長年謎に包まれていた組織の頂点、「あの方」の正体は半世紀前に謎の死を遂げたとされる大富豪・烏丸蓮耶であることが工藤優作の推理によって特定されました。半世紀前の大富豪がなぜ現代において組織を操り続けているのか、不老不死を匂わせる「烏丸蓮耶の正体の真相」とAPTX4869の研究目的は、最終決戦の最大の焦点です。
