神棚にお供えしてはいけない食べ物の筆頭に挙げられるのが、牛・豚・羊・猪といった四足歩行の動物の肉です。これには神道が太古より忌み嫌ってきた「死の穢れ」と「流血の穢れ」が深く関わっています。古来、血を流して絶命する動物の肉は清浄な神域に持ち込むべきではないと厳格に定められてきました。天武天皇が発布した肉食禁止令に端を発する日本人の食文化と神道儀礼が重なり合い、現在でも神社本庁の祭祀規程において四足動物の肉が神饌（しんせん＝神様への食事）として用いられることは原則としてありません。
次に注意しなければならないのが、強い匂いや辛味を持つ「五葷（ごくん）」に該当する野菜です。具体的にはネギ、ニンニク、ニラ、ラッキョウ、アサツキなどが該当します。仏教の戒律として知られる五葷ですが、神道においても「強い刺激臭は清浄な空気を乱し、神様をお迎えする場にふさわしくない」として固く避けられてきました。夕食の献立で餃子やネギ料理を作ったからといって、小皿に取り分けて神棚に供える行為は重大なマナー違反にあたります。
また、生の魚介類全般についても細心の注意が求められます。神事において尾頭付きの鮮魚（鯛など）が供えられる光景を目にすることがあるため、「魚なら何でも良い」と誤解されがちです。しかし、家庭の神棚で切り身の生魚やイカ、タコなどをそのまま放置すれば、短時間で強烈な生臭さを放ち、傷んでしまいます。神道で最も忌避されるのは、供え物が腐敗して不衛生な状態に陥る「気枯れ（けがれ）」そのものです。衛生管理が難しい生鮮食品は、家庭の日常的なお供えとしては完全に不向きと判断されます。
