拝観エリア内に足を踏み入れると、手前に広がる「一之池」と、奥に静まり返る「二之池」という対照的な2つの池が参拝者を迎えます。この2つの池は水系でつながっていながら、それぞれ全く異なる表情を持っています。
一之池は、視界が開けた開放的な広がりを誇り、池の奥には標高2,931メートルの明神岳がそびえ立ちます。池に突き出すように設置された神事用の桟橋に立つと、波一つない澄み切った水面に雄大な山影と針葉樹が鏡のように映り込みます。毎年10月8日には穂高神社奥宮の例祭「明神池御船神事」が執り行われ、平安装束を身にまとった神職が2艘の神船を浮かべて山の恵みに感謝を捧げる、日本屈指の伝統儀礼の舞台でもあります。
一方、木道を進んだ奥にある二之池は、まるで計算し尽くされた日本庭園のような幽玄の趣を湛えています。池の随所に点在する苔むした岩や倒木、底に群生するバイカモ（梅花藻）の間をイワナが悠然と泳ぐ姿は、自然が長い年月をかけて作り上げた天然の箱庭です。人工的な手を加えることなく完成された造形美は、写真愛好家からも高い支持を集めています。
この明神池が1年の中で最も神々しい姿を見せるのが、早朝6時00分から7時30分頃の「朝霧」の発生時間帯です。明神岳の伏流水が常に湧き出している明神池は、年間を通じて水温が約6〜8度とほぼ一定に保たれています。冷え込んだ秋や初夏の早朝、外気温が水温を下回ることで、水面からモヤのように水蒸気が立ち上る「気嵐（けあらし）」と呼ばれる現象が発生します。朝霧が一之池を静かに包み込み、木立の間から差し込む朝の斜光が池を照らす光景は、訪れた者の息を呑む圧倒的な美しさを放ちます。
さらに、境内には北アルプスの総鎮守として名高い穂高神社奥宮の参拝所と授与所があり、登山の無事や開運を祈願する参拝者が列を作ります。現地で頒布される奥宮限定の御朱印は、明神岳と神船が美しくデザインされており、全国の神社愛好家やパワースポット巡りを楽しむ旅行者から厚い信仰を集めています。
