大勢の子供たちを同時に襲った症状の正体は、医学用語で「光過敏性発作（Photosensitive Seizure）」と呼ばれる生体反応です。
当時、日本のアニメ制作現場では、爆発や電撃の迫力を際立たせるための演出技法として「パカパカ」と呼ばれる手法が多用されていました。これは、異なる色（特に補色関係にある色）を1秒間に数フレームから十数フレームの速さで交互に画面全体へ切り替える手法です。
問題の第38話では、飛来するワクチンソフトのミサイルを破壊する約4秒間にわたり、赤色と青色の画面全体にわたる高輝度フラッシュが1秒間に約12回の高速レートで点滅しました。この点滅周期（10〜15Hz前後）と、刺激の強い赤色の明滅が、人間の視覚野を通じて脳波（特に後頭葉）に急激な過剰興奮を引き起こしたのです。
暗い部屋で至近距離からテレビ画面を見つめていた子供たちの視覚刺激は跳ね上がり、潜在的に光に対する感受性が高かった子供たちが次々と痙攣や意識障害を発症しました。この事件をきっかけに、医学界でも映像刺激が脳に及ぼす影響について本格的な臨床研究が進められることになります。
