お寺と神社の最大の違いは、信仰している宗教そのもののルーツにあります。神社が信仰の基盤とするのは、日本古来の民族信仰である「神道（しんとう）」です。山、川、岩、木といった自然物や特定の祖先・偉人を「八百万の神（やおよろずのかみ）」として崇拝し、自然への畏敬の念から発展しました。一方のお寺は、6世紀半ばに大陸から百済を経て伝来した「仏教」の教えを修め、広めるための修行・布教の拠点です。
この宗教的背景の違いは、境内に安置される対象にもはっきりと現れています。神社で祀られるのは「ご神体」であり、鏡や刀剣、勾玉、あるいは山や滝そのものが神の宿る依代（よりしろ）となります。ご神体は本殿の奥深くに秘置され、神職であっても直接目にすることは稀です。対してお寺が祀るのは「ご本尊（仏像）」です。釈迦如来、阿弥陀如来、大日如来、観音菩薩など、人々の苦しみを救い悟りへと導く仏の姿が形作られており、参拝者が直接手を合わせて拝めるよう配置されています。
境内に身を置く宗教指導者にも明確な区別があります。神社に奉職するのは神主・宮司・禰宜（ねぎ）といった「神職」や巫女です。神職は神様にお仕えし、祝詞（のりと）を奏上して参拝者と神の仲立ちを務めます。対してお寺にいるのは「僧侶（住職・お坊さん）」です。僧侶は出家して仏道修行に励み、仏の教えを学びながら読経や供養、人々の心の救済を担っています。
