会社員が毎年秋に行う「年末調整」では、生命保険料控除や住宅ローン控除（2年目以降）などは勤務先を通じて精算できますが、医療費控除は一切受け付けられません。医療費の支出は個人のプライバシーに深く関わる上、年間の確定額が12月31日を過ぎるまで確定しないためです。
そのため、給与所得者であっても医療費控除を受けるには自身で「確定申告（還付申告）」を行う必要があります。かつては源泉徴収票を見ながら数字を手作業で書き写す必要がありましたが、現在はスマホのカメラで源泉徴収票を撮影して自動読み取りさせるか、マイナポータル連携で給与情報を直接取り込むことで、入力ミスなく短時間で手続きを終えられます。
なお、還付を受けるためだけの申告（還付申告）であれば、通常の確定申告期間（2月中旬〜3月中旬）に縛られず、該当する年の翌年1月1日から5年以内であればいつでも提出可能です。「3月の締め切りに間に合わなかった」という場合でも、スマホから落ち着いて過去5年分の還付手続きを行えます。
