行政側の動きも急展開を見せている。私立学校を管轄する東京都教育委員会は、事態の重さを重く受け止め、学校法人宝仙学園に対して詳細な事情聴取と適切な指導を実施した。公立校とは異なり一定の自主性が認められる私立校であっても、法令順守や生徒の安全確保に重大な破綻が生じた場合には、厳しい行政指導の対象となる。
文部科学省もまた、全国で相次ぐ私立校でのいじめ隠蔽問題を重視しており、ガイドラインの徹底運用を強く要請している。国や自治体による介入は、教育機関の閉鎖性に対する強力な牽制となる。指導を受ける立場となった学校法人が、今後いかなる改善策を提示し、信頼回復に向けた具体策を打ち出せるのかが問われている。
