乗船までの待ち時間を有意義に過ごすための館内グルメやショッピング環境も充実しています。
ランチ処として根強い人気を誇るのが、2階にある食事処・レストランです。名物の「長崎ちゃんぽん」や「長崎皿うどん」を提供しており、香ばしい具材の旨味と濃厚な白湯スープが特徴の一杯を味わえます。窓際の席からは長崎港を行き交う船や女神大橋方面の海景を一望でき、旅情を高めてくれます。出航前の限られた時間でも手早く食事が提供されるため、乗船手続き後の腹ごしらえに最適です。
1階のお土産売店では、定番の「長崎カステラ」各銘柄をはじめ、五島列島名物の「手延べうどん」や「かんころ餅」、魚介のすり身揚げ（かんぼこ）、あごだし関連商品が豊富に取り揃えられています。帰路の船を降りてすぐに長崎土産を一括購入できる利便性があり、地元特産品の品揃えは駅ビルに引けを取りません。軽食や飲料、船酔い対策の飴などを買い足せる売店・コンビニ機能も備わっています。
