スカイマークのネットワークにおいて中核を担う各空港では、特有の地理的・環境的要因によって異なる運航リスクが存在します。
まず、最大の拠点であるスカイマーク羽田発着運航状況においては、過密ダイヤによる管制上の出発制限（フローコントロール）や、南風運用時の悪天候・横風制限が主な遅延要因となります。羽田便はビジネス需要が集中するため、1便の遅れが多くの乗り継ぎ客やスケジュールに直接的な影響を及ぼします。
九州の重要拠点であるスカイマーク福岡路線運航状況で最も警戒すべきは、福岡空港に設定されている「22時の門限（カーフュー）」です。福岡空港は市街地に隣接している騒音対策上、緊急時を除き22時以降の着陸が厳格に禁止されています。羽田や新千歳からの最終便が遅れた場合、22時までに着陸できないと判断された段階で、上空から北九州空港へのダイバート（目的地変更）や羽田への引き返し、あるいは出発地での運行打ち切りが容赦なく決定されます。
北の要所であるスカイマーク新千歳運航見通しは、冬季の降雪と滑走路の除雪作業、機体除雪（ディアイシング）の所要時間に大きく左右されます。大雪警報発令時には除雪が追いつかず、滑走路閉鎖による長時間の待機や大規模な欠航が発生します。
そして、夏季から秋季にかけて最大の混乱をもたらすのが、台風の直撃を受けるスカイマーク那覇便欠航情報およびスカイマーク台風運航見通しです。沖縄路線は台風の進路や暴風域の通過速度によって数日間にわたり運航が麻痺することがあり、機材の那覇空港からの事前退避（フェリーフライト）を含めた広範囲な機材繰り調整が実施されます。
