多くの寺社では本堂や納経所などの1箇所で複数の御朱印を集約授与していますが、山寺は構造が根本から異なります。険しい山肌に独立した塔頭（たっちゅう）寺院が点在しており、山寺御朱印授与所の場所一覧を把握しなければ、目的の印を受けることはできません。
結論から言えば、山麓から山上エリアまで含めた山寺御朱印の種類一覧は、通年授与されているものだけで10種類以上、季節限定や記念御朱印を含めると最大15種類前後にのぼります。山寺の御朱印は単一の寺務所でまとめて受けるのではなく、それぞれの堂宇や塔頭で直接拝受するのが厳格な習わしです。
具体的には、まず山麓エリアに位置する国指定重要文化財の「根本中堂」、登山口に鎮座する「日枝神社」、寺務を司る「立石寺本坊」が存在します。そして山門をくぐり石段を登った中腹から山上エリアにかけて、「性相院（しょうそういん）」「金乗院（こんじょういん）」「中性院（ちゅうせいいん）」「華蔵院（けぞういん）」といった塔頭が立ち並び、最奥部に「立石寺奥之院（如法堂）」と「大仏殿」が鎮座しています。
現地を訪れた参拝者が「思っていたより遥かに数が多い」と驚く背景には、各塔頭がそれぞれ独自の本尊や仏像を祀り、独自の墨書を施している点にあります。すべての御朱印を集める旅は、事実上、10箇所以上の聖域を自らの足で巡る本格的な巡礼修行そのものです。
