花の窟神社が他の神社と決定的に異なるのは、拝殿や本殿といった人工的な建造物を設けず、高さ約45メートル・幅約80メートルの巨大な岩壁そのものを御神体として祀っている点です。この形態は、神社建築が確立する以前の「磐座信仰（自然の岩や巨木を神の依り代とする原始神道）」の姿をそのまま現代に伝えています。
720年に編纂された『日本書紀』神代上には、「一書に曰く、伊弉冉尊、火神を生む時に灼かれて神退りましぬ。故、紀伊国の熊野の有馬村に葬りまつる」という記述が残されています。神話において日本列島や多くの神々を産み出したイザナミは、火の神である軻遇突智（カグツチ）を産んだ際、火傷を負って命を落としました。その亡骸を葬った御陵こそが、この花の窟神社であると伝えられているのです。
社号の「花の窟」は、季節ごとの花々を供えて神を祀ったという神話の記述に由来します。世界遺産である熊野古道・伊勢路を歩く旅人たちも、海辺にそびえるこの圧倒的な磐座を見上げ、神々の根源に祈りを捧げてきました。木々が生い茂る森と熊野灘の荒波に挟まれたこの岩壁には、悠久の時を超えて受け継がれる原初のエネルギーが満ちています。
