宿泊客の満足度と直結する2大要素が「無料朝食」と「駐車場」のオペレーションです。東横イン長崎駅前の朝食時間は朝6:30から9:00まで提供されており、長崎ならではの炊き込みご飯（じげもんご飯）やお惣菜、パン、味噌汁、淹れたてコーヒーなどがバイキング形式で並びます。7:15〜8:00のピークタイムは混雑しがちですが、客室専用の持ち帰り容器（フードパック）が用意されているため、自室で落ち着いて食事を済ませるスマートな回避策が用意されています。
対して、マイカーやレンタカー利用者が最も警戒すべきなのが東横イン長崎駅前の駐車場事情です。敷地内の立体駐車場は先着順（予約不可・約30台前後）となっており、1泊あたり1,000円（税込）前後で利用可能です。ただし、車両制限（全高・全幅・重量）があり、ハイルーフ車や大型SUVは入庫できないケースがあります。満車時は提携外の近隣コインパーキング（大黒町・恵美須町周辺）を利用することになり、夜間最大料金の適用条件によって出費が変動するため注意が必要です。
